Molecular epidemiology and phylogenetic analysis of human papillomavirus infection in women with cervical lesions and cancer from the coastal region of Ecuador / Epidemiología molecular y análisis filogenético de la infección por el virus del papiloma humano en mujeres con lesiones cervicales y cáncer en la región litoral del Ecuador

The aim of the present study was to gather information regarding the molecular epidemiology of Human papillomavirus (HPV) and related risk factors in a group of women with low- and high-grade cervical lesions and cancer from the coastal region of Ecuador. In addition, we studied the evolution of HPV variants from the most prevalent types and provided a temporal framework for their emergence, which may help to trace the source of dissemination within the region. We analyzed 166 samples, including 57 CIN1, 95 CIN2/3 and 14 cancer cases. HPV detection and typing was done by PCR-sequencing (MY09/MY11). HPV variants and estimation of the time to most recent common ancestor (tMRCA) was assessed through phylogeny and coalescence analysis. HPV DNA was found in 54.4% of CIN1, 74.7% of CIN2/3 and 78.6% of cancer samples. HPV16 (38.9%) and HPV58 (19.5%) were the most prevalent types. Risk factors for the development of cervical lesions/cancer were the following: three or more pregnancies (OR = 4.3), HPV infection (OR = 3.7 for high-risk types; OR = 3.5 for HPV16), among others. With regard to HPV evolution, HPV16 isolates belonged to lineages A (69%) and D (31%) whereas HPV58 isolates belonged only to lineage A. The period of emergence of HPV16 was in association with human populations (tMRCA = 91 052 years for HPV16A and 27000 years for HPV16D), whereas HPV58A preceded Homo sapiens evolution (322 257 years). This study provides novel data on HPV epidemiology and evolution in Ecuador, which will be fundamental in the vaccine era.

El objetivo del presente estudio fue aportar información sobre la epidemiología molecular del virus del papiloma humano (human papillomavirus [HPV]) y los factores de riesgo asociados al desarrollo de lesiones cervicales y cáncer en mujeres de la costa del Ecuador. Además, se estudiaron la evolución de las variantes de los HPV más prevalentes y el marco temporal de su emergencia, para ayudar a rastrear la fuente de dispersión en la región. Se analizaron 166 muestras, incluyendo 57 y 95 casos de neoplasia intraepitelial cervical tipo 1 (CIN1) y tipo 2/3 (CIN2/3), respectivamente, y 14 de casos de cáncer. La detección/tipificación de HPV se realizó por PCR-secuenciación (MY09/MY11). La caracterización de variantes y la datación del ancestro común más reciente (tMRCA) se realizaron mediante filogenia y coalescencia. Se encontró ADN de HPV en el 54,4% de las muestras de CIN1, el 74,7% de las muestras de CIN2/3 y el 78,6% de las muestras de cáncer. Los tipos HPV16 (38,9%) y HPV58 (19,5%) fueron los más frecuentes. Los factores de riesgo para el desarrollo de lesiones cervicales/cáncer fueron 3 o más embarazos (OR = 4,3) e infección por HPV (O = 3,7 para HPV de alto riesgo, OR = 3,5 para HPV16), entre otros. En cuanto a la evolución viral, los aislados del HPV16 pertenecían a los linajes A (69%) y D (31%), mientras que los aislados del HPV58 pertenecían únicamente al linaje A. El período de emergencia del HPV16 estuvo asociado a poblaciones humanas (tMRCA = 91.052 años para HPV16Ay 27.000 para HPV16D), mientras que el del HPV58A precedió a la evolución de Homo sapiens (322.257 años). Este estudio proporciona datos novedosos sobre la epidemiología y la evolución del HPV en Ecuador, los cuales serán fundamentales en la era de la vacuna.

Molecular evidence of high-risk human papillomavirus infection in colorectal tumours from Cuban patients

The association between colorectal cancer and human papillomavirus (HPV) infection is still unproven. The aim of this study was to investigate the presence of high-risk HPV (HR-HPV) DNA in colorectal tissues from Cuban patients. A total of 63 colorectal formalin-fixed paraffin-embedded tissues were studied (24 adenocarcinoma, 18 adenoma, and 21 colorectal tissues classified as benign colitis). DNA from colorectal samples was analysed by quantitative real-time polymerase chain reaction to detect the most clinically relevant high HR-HPV types (HPV-16, -18, -31, -33, -45, -52, and -58). Associations between histologic findings and other risk factors were also analysed. Overall, HPV DNA was detected in 23.8% (15/63) of the samples studied. Viral infections were detected in 41.7% of adenocarcinoma (10/24) and 27.7% of adenoma cases (5/18). HPV DNA was not found in any of the negative cases. An association between histological diagnosis of adenocarcinoma and HPV infection was observed (odd ratio = 4.85, 95% confidence interval = 1.40-16.80, p = 0.009). The only genotypes identified were HPV 16 and 33. Viral loads were higher in adenocarcinoma, and these cases were associated with HPV 16. This study provides molecular evidence of HR-HPV infection in colorectal adenocarcinoma tissues from Cuban patients.

Obtención de clones recombinantes que expresan las proteínas prM-E-NS1 del virus dengue serotipo 2 / Obtaining recombinant clones expressing dengue virus serotype 2 prM-E-NS1 proteins

Objetivo: obtener clones recombinantes que expresen diferentes proteínas del virus dengue 2 en un vector de expresión en células eucariotas. Métodos: se realizó el clonaje de los genes prM, envoltura (E) y 65 aminoácidos (aa) de la proteína NS1 del virus dengue serotipo 2 (cepa Nueva Guinea C) en un vector de expresión en células eucariotas pcDNA (3.1). La obtención de los genes correspondientes a la zona prM/E/NS1 y prM/E truncada en 100 aa se realizó mediante reacción en cadena de la polimerasa (RCP). La detección de los posibles clones recombinantes se llevó a cabo mediante las técnicas de RCP, análisis de restricción enzimática y secuenciación nucleotídica. Se realizó la transfección de la línea celular CHO con cada plásmido recombinante. Para determinar la expresión transciente de los genes clonados se empleó la técnica de inmunofluorescencia indirecta (IFI) y trascripción reversa-RCP (TR-RCP). Resultados: se obtuvieron bandas de 2 202 y 1 600 pares de bases (pb), respectivamente. Se estudiaron 20 posibles colonias recombinantes, de las cuales, 7 resultaron positivas para prM-E-NS1 y 5 para prM/E truncada. Se obtuvieron células fluorescentes 48 h después de transfectadas, además una RCP positiva a ese mismo tiempo, lo que indicó la presencia de las proteínas en las células transfectadas. Conclusiones: el vector empleado fue eficiente para el clonaje y la expresión de las proteínas seleccionadas, por lo que las construcciones genéticas obtenidas pudieran ser evaluadas en animales como posibles candidatos vacunales para la obtención de una vacuna de ADN contra el dengue.

Objective: To obtain recombinant clones expressing different dengue virus 2 proteins in an expression vector of eukaryote cells. Methods: Cloning of prM genes, E envelope and 65 amino-acids (aa) of dengue virus serotype 2 NS1 proteins (Nueva Guinea strain) in an expression vector of pcDNA eukaryote cells (3.1). The prM/E/NS1 zone and the truncated prM/E zone at 100 aa genes were obtained by polymerase chain reaction (PCR). Possible recombinant clones were detected using PCR, enzyme restriction analysis and nucleotide sequencing. Transfection of the CHO cell line with each recombinant plasmid was performed. Indirect immunofluorescence and reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) determined the transient expression of cloned genes. Results: Bands of 2 202 and 1 600 base pairs (bp) respectively were obtained. Twenty possible recombinant colonies were studied, 7 of them were pr-E-NSI-positive and 5 truncated prM/E-positive. Fluorescent cells emerged 48 hours after being transfected in addition to positive PCR, all of which indicated that the studied proteins were present in transfected cells. Conclusions: The used vector proved to be efficient for cloning and expression of the selected proteins; therefore, the obtained genetic constructions could be evaluated in animals as likely vaccinal candidates for a dengue virus DNA vaccine.

Prevalence of Chlamydia trachomatis in human immunodeficiency virus-infected women in Cuba

To determine the prevalence rates and serovar distribution of Chlamydia trachomatis cervical infections in Cuban women, two different groups were selected. Group I consisted of 60 human immunodeficiency virus (HIV-1) seropositive women from different regions of Cuba and group II of 60 randomly selected women HIV seronegative and apparently healthy. C. trachomatis was detected in cervical scrapes by mean of nested polymerase chain reaction (PCR) specific for major out membrane protein. The overall prevalence rate of C. trachomatis in cervical scrapes determined by nested PCR was 10 percent in group I and the estimated prevalence was 6.6 percent for group II; 83.3 percent of HIV seropositive women with C. trachomatis infection reported history of pelvic inflammatory disease followed by cervicitis (50 percent). The control group C. trachomatis-infected women referred a history of cervicitis in 75 percent of cases. Other reports in the latter group included infertility and pelvic inflamatory disease in 50 percent. The present study is the first report of C. trachomatis prevalence in Cuba. It showed that there was not significantly difference in the prevalence rate of C. trachomatis between both groups

Aplicacion de la técnica de reacción en cadenade la polimerasa para la detección de secuencias de Papillomavirus humano / Aplication of polymerase chain reaction to detect sequences of human Papillomavirus

Se aplicó la técnica dereacción en cadena de la polimerasa para la detección de secuencias de papillomavirus humano (PVH) mediante controles de líneas celulares de cáncer cervical y tejidos obtenidos por biopsia con diagnóstico clínico positivo a PVH. Se utilizóun juego de oligonucleótidos consenso, que son complementarios a una región altamente conservada dentro del marco de lectura abierta. El del genoma viral de los PVH que afectan la mucosa cervical. Con este juego de cebadores fue posible amplificar secuencias de ácido desoxirribonucleico (ADN) correspondientes a los PVH 6 y 11, considerados dentro del grupo de bajo riesgo y de los PVH 16, 18, 31 y33 comprendidos en el grupo de alto riesgo. El estudio de la sensibilidad de latécnica de amplificación arrojó como resultado un nivel de detección de 3,5 partículas virales por cada genoma diploide celular

Analysis of respiratory syncytial virus in clinical samples by reverse transcriptase-polymerase chain reaction restriction mapping

The aim of this study was to develop a polymerase chain reation (PCR) for detection of respiratory syncytial virus (RSV) genomes. The primers were designed from published sequences and selected from conserved regions of the genome encoding for the N protein of subgroups A and B of RSV. PCR was applied to 20 specimens from children admitted to the respirary ward of "William Soler" Pediatric Hospital in Havana City with a clinical diagnosis of bronchiolitis. The PCR was compared with viral isolation and with an indirect immunofluorescence technique that employs monoclonal antibodies of subgroups A and B. Of 20 nasopharyngeal exudates, 10 were found positive by the three assayed methods. In only two cases, samples that yielded positive RNA-PCR were found negative by indirect immunofluorescence and cell culture. Considering viral isolation as the "gold standard" technique, RNA-PCR had 100 per cent sensitivity and 80 per cent specificity. RNA-PCR is a specific and sensitive technique for the detection of the RSV genome. Technical advantages are discussed.

Estudio por Western Blot de sueros de pacientes con neuropatía epidémica / Study by Western Blot of sera from patients with epidemical neuropathy

Se estudió la respuesta inmune de un grupo de pacientes con neuropatía epidémica y de individuos controles mediante la tècnica de inmunoblotting frente a las proteinas del virus Coxsackie y a las proteínas de la cepa de efecto lento aislada en nuestro laboratorio. Se estudiaron 13 sueros de pacientes con neuropatía epidémica y 9 sueros controles. De los 13 sueros estudiados, 8 (61,5 por ciento) reconocieron a la proteína VPI y 2 sueros (15,3 por ciento) a la proteína VPO de la cepa 47/93. De los 9 controles estudiados, 4 (44,4 por ciento) reconocieron la proteína VPI y 3 sueros (33,3 por ciento) la proteína VPO solamente. Con el antígeno preparado a partir de la cepa de efecto lento, en 5(38,5 por ciento) sueros de pacientes con 2 sueros (22,5 por ciento) de controles se obtuvo una señal específica. Es de destacar en este último caso que la proteína observada tenía un peso molecular de 41 300 D, era de menor talla que la proteína precursora detectada frente a la cepa 47/93, que fue de 45 000 D